軟件企業(yè)增值稅實際稅負超過3%而取得的即征即退稅款是否屬于不征稅收入？企業(yè)將這部分資金用于研究開發(fā)軟件產品和擴大再生產，相應的成本費用能否在計算應納稅所得額時扣除？
根據《財政部、國家稅務總局、海關總署關于鼓勵軟件產業(yè)和集成電路產業(yè)發(fā)展有關稅收政策問題的通知》（財稅[2000]25號）規(guī)定，自2000年6月24日起至2010年底以前，對增值稅一般納稅人銷售其自行開發(fā)生產的軟件產品，按17%的法定稅率征收增值稅后，對其增值稅實際稅負超過3%的部分實行即征即退政策。所退稅款由企業(yè)用于研究開發(fā)軟件產品和擴大再生產，不作為企業(yè)所得稅應稅收入，不征收企業(yè)所得稅。但是，《財政部、國家稅務總局關于財政性資金、行政事業(yè)性收費、政府性基金有關企業(yè)所得稅政策問題的通知》（財稅[2008]151號）規(guī)定，企業(yè)的不征稅收入用于支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除。
《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)所得稅若干優(yōu)惠政策的通知》（財稅[2008]1號）規(guī)定，軟件生產企業(yè)實行增值稅即征即退政策所退還的稅款，由企業(yè)用于研究開發(fā)軟件產品和擴大再生產，不作為企業(yè)所得稅應稅收入，不征收企業(yè)所得稅�！�財政部、國家稅務總局關于專項用途財政性資金有關企業(yè)所得稅處理問題》（財稅[2009]87號）第一條規(guī)定，對企業(yè)在2008年1月1日至2010年12月31日期間，從縣級以上各級人民政府財政部門及其他部門取得的應計入收入總額的財政性資金，凡同時符合以下條件的，可以作為不征稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除：
1.企業(yè)能夠提供資金撥付文件，且文件中規(guī)定該資金的專項用途。
2.財政部門或其他撥付資金的政府部門，對該資金有專門的資金管理辦法或具體管理要求。
3.企業(yè)對該資金以及以該資金發(fā)生的支出單獨進行核算。
第二條規(guī)定，根據《企業(yè)所得稅法實施條例》第二十八條規(guī)定，上述不征稅收入用于支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除。用于支出所形成的資產，其計算的折舊、攤銷不得在計算應納稅所得額時扣除。
根據上述規(guī)定，軟件企業(yè)取得增值稅實際稅負超過3%的退稅款項，符合該文件不征稅收入的規(guī)定，因此，應作為不征稅收入處理，部分退稅款用于研發(fā)的，不得在計算應納稅所得額時扣除。