新《企業(yè)所得稅法》第三十條第一款規(guī)定，開發(fā)新技術、新產(chǎn)品、新工藝發(fā)生的研究開發(fā)費用可以在計算應納稅所得額時加計扣除。這樣，研究開發(fā)費加計扣除政策上升為《企業(yè)所得稅法》中的法律條款，體現(xiàn)了國家對該項政策的高度重視。
新《企業(yè)所得稅法實施條例》第九十五條規(guī)定，企業(yè)所得稅法第三十條第（一）項所稱研究開發(fā)費用的加計扣除，是指企業(yè)為開發(fā)新技術、新產(chǎn)品、新工藝發(fā)生的研究開發(fā)費用，未形成無形資產(chǎn)計入當期損益的。在按照規(guī)定據(jù)實扣除的基礎上，按照研究開發(fā)費用的50％力H計扣除。形成無形資產(chǎn)的。按照無形資產(chǎn)成本的150％攤銷。
2008年12月，國家稅務總局發(fā)布《關于印發(fā)〈企業(yè)研究開發(fā)費用稅前扣除管理辦法（試行）〉的通知》（國稅發(fā)[2008]116號），該通知是稅務機關、企業(yè)全面貫徹落實研究開發(fā)費用稅前扣除政策嚴謹、具體、統(tǒng)一的政策依據(jù)和操作程序。
目前，關于研究開發(fā)費加計扣除至少有以上3個文件可以遵照執(zhí)行，但由于一些研發(fā)企業(yè)對以上文件理解得不準確，不能按照要求向稅務機關提供相關備案資料，因而不能享受加計扣除的優(yōu)惠政策。所以研發(fā)企業(yè)認真領會法律法規(guī)的含義，并用于指導和規(guī)范經(jīng)營活動及會計核算，對于企業(yè)有著重要意義。
研發(fā)活動的界定
國稅發(fā)[2008]116號文件之前的相關文件并沒有對企業(yè)研究開發(fā)活動作出明確規(guī)定，企業(yè)開發(fā)新技術、新產(chǎn)品、新工藝發(fā)生的活動都可以視為符合規(guī)定的研發(fā)活動。國稅發(fā)[2008]116號文件第三條明確了適用加計扣除的研究開發(fā)活動是指“企業(yè)為獲得科學與技術（不包括人文、社會科學）新知識，創(chuàng)造性運用科學技術新知識，或實質性改進技術、工藝、產(chǎn)品（服務）而持續(xù)進行的具有明確目標的研究開發(fā)活動”。同時，該文件第四條規(guī)定。上述研究開發(fā)活動僅限于《國家重點支持的高新技術領域》和《當前優(yōu)先發(fā)展的高技術產(chǎn)業(yè)化重點領域指南（2007年度）》所規(guī)定的項目。這樣的規(guī)定為研發(fā)費用加計扣除的適用設定了較高的門檻。
適用對象
隨著新《企業(yè)所得稅法》及實施條例的頒布和“居民企業(yè)”概念的引入，一國稅發(fā)[2008]116號文件將研發(fā)費用加計扣除的適用范圍相應調整為“財務核算健全并能準確歸集研究開發(fā)費用的居民企業(yè)”。由此可見，以下企業(yè)不能享受：
�。ㄒ唬┓蔷用衿髽I(yè)，非居民企業(yè)計算稅收的依據(jù)是收入全額，除了固定資產(chǎn)轉讓可扣除凈值外，沒有可扣除項目。
�。ǘ┖硕ㄕ魇掌髽I(yè)，因為核定征收所得稅企業(yè)不能滿足財務核算健全并能準確歸集研究開發(fā)費用的條件。
（三）財務核算健全但不能準確歸集研究開發(fā)費用的企業(yè)。
研發(fā)開支范圍
對于允許在計算應納稅所得額時實行加計扣除的費用支出，國稅發(fā)[2008]116號文件第四條采用了列舉法，共列舉了8項費用。與國稅發(fā)[2008] 116號文件出臺之前的文件比較，研發(fā)費用范圍總體是相類似的，細節(jié)上有差異。
值得注意的是，國稅發(fā)[2008]116號文件沒有“與研發(fā)活動直接相關的其他費用”的類似規(guī)定，而將研發(fā)費用的范圍嚴格地限定在列舉的8類費用中，具體而又明確，既有利于研發(fā)企業(yè)按照規(guī)定歸集和申報材料，又有利于稅務機關的監(jiān)管。
高新技術企業(yè)認定管理中規(guī)定的企業(yè)研究開發(fā)費用的范圍，要比國稅發(fā)[2008]116號文件規(guī)定的研究開發(fā)費用范圍寬泛。在這種情況下，研發(fā)企業(yè)在進行高新技術企業(yè)認定時，應按照《高新技術企業(yè)認定管理工作指引》（國科發(fā)火[2008]362號）的規(guī)定提供有關資料，但在申請研發(fā)費用加計扣除時，應嚴格按照國稅發(fā)[2008]116號文件的規(guī)定提供備案資料。
研發(fā)費用的歸集與核算
目前，一些研發(fā)企業(yè)沒有按照文件規(guī)定設置研發(fā)費用明細賬，對相關費用列支不標準，不規(guī)范，導致主管稅務機關無法合理確定各類成本、費用支出，因而企業(yè)不能享受研發(fā)費用扣除的優(yōu)惠政策。為此，企業(yè)應該從以下幾個方面入手，準確歸集和核算研發(fā)費用。
一是企業(yè)應當建立健全財務制度和研發(fā)費用管理制度，企業(yè)應按照財政部制定的會計準則和會計制度，在相關科目下，設置明細科目，核算實際發(fā)生的研發(fā)費用，并按研發(fā)項目設立項目臺賬，按照國稅發(fā)[2008] 116號文件附表的規(guī)定項目，準確歸集填寫年度可加計扣除的各項研究開發(fā)費用實際發(fā)生金額。
二是企業(yè)在一個納稅年度內進行多個研發(fā)活動時，應按照不同開發(fā)項目分別設置明細科目和項目臺賬，歸集可加計扣除的研發(fā)費用額。
三是企業(yè)未設立專門的研發(fā)機構或企業(yè)研發(fā)機構同時承擔生產(chǎn)經(jīng)營任務的，應對研發(fā)費用和生產(chǎn)經(jīng)營費用分開核算，準確合理地計算各項研發(fā)費用支出。
對企業(yè)共同合作開發(fā)、委托給外單位、集團公司進行集中開發(fā)的研究開發(fā)項目，國稅發(fā)[2008]116號文件也有明確的規(guī)定。
對企業(yè)共同合作開發(fā)的項目，依據(jù)國稅發(fā)[2008]116號文件第五條由合作各方就自身承擔的研發(fā)費用分別按照規(guī)定計算加計扣除額。
對企業(yè)委托給外單位進行開發(fā)的研發(fā)費用，依據(jù)國稅發(fā)[2008]116號文件第六條由委托方按照規(guī)定計算加計扣除額，受托方不得再進行加計扣除。這就避免了研發(fā)費用加計扣除在委托方和受托方中的重復計算問題。
集團公司進行集中開發(fā)的研究開發(fā)項目，依據(jù)國稅發(fā)[2008]116號文件第十五條規(guī)定，其實際發(fā)生的研究開發(fā)費，可以按照合理的分攤方法在受益集團成員公司間進行分攤。
及時備案所需資料
有的納稅人認為，只要是發(fā)生的符合條件的研發(fā)費用，稅務機關都應當允許加計扣除，形式上的資料并不重要。這種觀點將會給企業(yè)帶來不必要的涉稅風險，要想享受加計扣除優(yōu)惠，就必須保留和整理相關資料，這些資料主要有項目立項報告、項目費用和人員預算、董事會決議、項目合同或協(xié)議、項目效用報告等及時提交稅務機關。
政府對研發(fā)投入實行稅收優(yōu)惠政策，并且設定了一些條件和程序，體現(xiàn)了法律的嚴肅性、規(guī)范性和可執(zhí)行性。企業(yè)要享受稅收優(yōu)惠政策，必須符合條件，并按一定的程序提交相應的證明材料，這有利于引導企業(yè)規(guī)范其研發(fā)活動。研發(fā)活動規(guī)范了，政府便可以獲得企業(yè)研發(fā)投入的信息，企業(yè)也可以降低研發(fā)投入的風險，加強研發(fā)管理，提高研發(fā)效率。