根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)<跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法>的公告》（國家稅務(wù)總局公告2012年第57號(hào)）第十條及第十一條規(guī)定，匯總納稅企業(yè)應(yīng)當(dāng)自年度終了之日起5個(gè)月內(nèi)，由總機(jī)構(gòu)匯總計(jì)算企業(yè)年度應(yīng)納所得稅額，扣除總機(jī)構(gòu)和各分支機(jī)構(gòu)已預(yù)繳的稅款，計(jì)算出應(yīng)繳應(yīng)退稅款，按照本辦法規(guī)定的稅款分?jǐn)偡椒ㄓ?jì)算總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)的企業(yè)所得稅應(yīng)繳應(yīng)退稅款，分別由總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)就地辦理稅款繳庫或退庫。

　　匯總納稅企業(yè)在納稅年度內(nèi)預(yù)繳企業(yè)所得稅稅款少于全年應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款的，應(yīng)在匯算清繳期內(nèi)由總、分機(jī)構(gòu)分別結(jié)清應(yīng)繳的企業(yè)所得稅稅款；預(yù)繳稅款超過應(yīng)繳稅款的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)及時(shí)按有關(guān)規(guī)定分別辦理退稅，或者經(jīng)總、分機(jī)構(gòu)同意后分別抵繳其下一年度應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款。

　　匯總納稅企業(yè)匯算清繳時(shí)，總機(jī)構(gòu)除報(bào)送企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表和年度財(cái)務(wù)報(bào)表外，還應(yīng)報(bào)送匯總納稅企業(yè)分支機(jī)構(gòu)所得稅分配表、各分支機(jī)構(gòu)的年度財(cái)務(wù)報(bào)表和各分支機(jī)構(gòu)參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明；分支機(jī)構(gòu)除報(bào)送企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表（只填列部分項(xiàng)目）外，還應(yīng)報(bào)送經(jīng)總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)受理的匯總納稅企業(yè)分支機(jī)構(gòu)所得稅分配表、分支機(jī)構(gòu)的年度財(cái)務(wù)報(bào)表（或年度財(cái)務(wù)狀況和營業(yè)收支情況）和分支機(jī)構(gòu)參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明。

　　分支機(jī)構(gòu)參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明，可參照企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表附表“納稅調(diào)整項(xiàng)目明細(xì)表”中列明的項(xiàng)目進(jìn)行說明，涉及需由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算調(diào)整的項(xiàng)目不進(jìn)行說明。

　　因此，從2013年起，匯總繳納企業(yè)所得稅的分支機(jī)構(gòu)也要按上述規(guī)定進(jìn)行企業(yè)所得稅匯算清繳。