正如財政部、國家稅務(wù)總局在新聞通稿中所說的，《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于非貨幣性資產(chǎn)投資企業(yè)所得稅政策問題的通知》（財稅〔2014〕116號）實際就是2013年11月財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于上海自貿(mào)區(qū)內(nèi)企業(yè)以非貨幣性資產(chǎn)對外投資等資產(chǎn)重組行為有關(guān)企業(yè)所得稅先行先試政策的一個全國推廣（財稅〔2014〕91號）。從條款內(nèi)容上看基本一樣。
他們最大的差別在于：91號文第八條第二款規(guī)定：本通知所稱非貨幣性資產(chǎn)對外投資等資產(chǎn)重組行為，是指以非貨幣性資產(chǎn)出資設(shè)立或注入公司，限于以非貨幣性資產(chǎn)出資設(shè)立新公司和符合《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)重組業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕59號）第一條規(guī)定的股權(quán)收購、資產(chǎn)收購。而116號文第五條第二款規(guī)定：本通知所稱非貨幣性資產(chǎn)投資，限于以非貨幣性資產(chǎn)出資設(shè)立新的居民企業(yè)，或?qū)⒎秦泿判再Y產(chǎn)注入現(xiàn)存的居民企業(yè)。換句話說，在當(dāng)時上海自貿(mào)區(qū)的91號文下非貨幣資產(chǎn)對外投資要享受優(yōu)惠，要么你把非貨幣資產(chǎn)對外投資成立新企業(yè)，但如果要注入現(xiàn)存企業(yè)則必須符合59號文資產(chǎn)收購或股權(quán)收購的條件。但116號文則放寬了，你設(shè)立新公司可以，投到現(xiàn)存的居民企業(yè)也行。
我去年就上海自貿(mào)區(qū)的這個政策專門寫了一篇文章，已經(jīng)發(fā)在《財務(wù)與會計》雜志2014年12期上，就其政策執(zhí)行中的相關(guān)問題進行了非常詳細(xì)的說明。這里，就把其中作為一部分即涉及到這個政策實際操作中需要把握的一些要領(lǐng)摘錄如下：
第一部分：59號文與116號文適用的差異點分析
一是59號文對于股權(quán)收購和資產(chǎn)收購的比例要求很高，必須達(dá)到75%以上（現(xiàn)降為50%）。但是，如果企業(yè)僅僅是用部分非貨幣性資產(chǎn)對外投資，比如B企業(yè)的股東僅用其持有B企業(yè)50%的股權(quán)或B企業(yè)僅用其20%的非貨幣資產(chǎn)對外投資，達(dá)不到59號文的比例條件，則不能適用；
二是，59號文要求企業(yè)重組后的連續(xù)12個月內(nèi)不改變重組資產(chǎn)原來的實質(zhì)性經(jīng)營活動，即有經(jīng)營連續(xù)性的考量。但116號文不需要這個條件。
三是，相對于59號文，116號文適用范圍更寬。對于59號文的對外投資行為，無論是資產(chǎn)收購還是股權(quán)收購，都必須是在現(xiàn)存的兩個企業(yè)之間的行為。對于企業(yè)用非貨幣性資產(chǎn)對外投資成立新企業(yè)的行為，59號文是無法使用的。但是，符合116號文條件的企業(yè)，其發(fā)生的以非貨幣性資產(chǎn)出資設(shè)立新公司的行為可以適用5年遞延納稅。
四是對于被投資企業(yè)而言，如果適用59號文的特殊性稅務(wù)處理，其取得股權(quán)或資產(chǎn)的計稅基礎(chǔ)必須以該股權(quán)或資產(chǎn)的原有計稅基礎(chǔ)確認(rèn)。但是，如果適用116號文，不管投資企業(yè)是一次性納稅還是分5年遞延納稅，被投資企業(yè)取得資產(chǎn)的計稅基礎(chǔ)都是按公允價值確認(rèn)，這一點也正是116號文相對于59號文最大的差異之處。即投資方以5年遞延納稅的代價，換取了被投資方可以立即按資產(chǎn)的公允價值在稅前扣除成本或折舊（攤銷）。
第二部分：116號文實際操作中應(yīng)把握的要領(lǐng)
企業(yè)在運用116號文時，應(yīng)重點把握如下幾方面的問題：
第一并非所有適用59號文特殊性稅務(wù)處理的資產(chǎn)收購和股權(quán)收購行為都可以適用116號文，這是所有企業(yè)特別要注意的。因為，59號文規(guī)定，在資產(chǎn)收購和股權(quán)收購中，符合特殊性稅務(wù)處理的股權(quán)支付，是指企業(yè)重組中購買、換取資產(chǎn)的一方支付的對價中，以本企業(yè)或其控股企業(yè)的股權(quán)、股份作為支付的形式。同時，國家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布《企業(yè)重組業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅管理辦法》的公告（國家稅務(wù)總局公告2010年第4號，以下簡稱4號公告）規(guī)定：第二條所稱控股企業(yè)，是指由本企業(yè)直接持有股份的企業(yè)。比如，A企業(yè)收購B企業(yè)100%的實質(zhì)性經(jīng)營資產(chǎn)，但支付的對價不是A企業(yè)自身的股權(quán)，而是A企業(yè)子公司C的股權(quán)。此時，按照文件59號文和4號公告的規(guī)定，該行為是符合特殊性稅務(wù)處理的。但是，該行為并非是B企業(yè)的非貨幣性資產(chǎn)對外投資行為，而是A企業(yè)和B企業(yè)之間發(fā)生的非貨幣性資產(chǎn)交換行為，即A企業(yè)用其持有的子公司C的股權(quán)作為一項非貨幣資產(chǎn)（長期股權(quán)投資）和B企業(yè)的非貨幣性資產(chǎn)進行交換，不符合116號文的以非貨幣資產(chǎn)對外投資的定義（股權(quán)收購?fù)瑯尤绱耍Ｒ虼�，如果被收購企業(yè)取得的不是收購企業(yè)自身的股權(quán)，而是其持有的控股公司的股權(quán)，此時，企業(yè)只能選擇按照59號文享受特殊性稅務(wù)處理，無法按照116號文適用特殊性稅務(wù)處理。
第二，適用116號文時，投資企業(yè)取得的非股權(quán)支付額同樣需要按照59號文的規(guī)定在當(dāng)期立即納稅，同時投資企業(yè)取得被投資企業(yè)股權(quán)的計稅基礎(chǔ)應(yīng)用其投資的非貨幣資產(chǎn)的原有計稅基礎(chǔ)減去非股權(quán)支付，加上因非股權(quán)支付確認(rèn)的所得。這一點，116號文沒有說，但是，這應(yīng)該是應(yīng)有之意。對于企業(yè)用非貨幣資產(chǎn)對外投資成立新企業(yè)沒有這個問題。但是，如果企業(yè)用非貨幣資產(chǎn)注入現(xiàn)存企業(yè)就存在這個問題。假設(shè)B企業(yè)將其一項非貨幣資產(chǎn)，賬面價值100萬，公允價值200萬投資到A企業(yè)。A企業(yè)支付的對價是公允價值為150萬的股權(quán)和50萬的現(xiàn)金。此時，B企業(yè)只有對于取得股權(quán)的部分，即投資行為可以遞延5年納稅，但是對于資產(chǎn)銷售直接取得現(xiàn)金的部分，當(dāng)期必須立即納稅，不能遞延。非股權(quán)支付部分的應(yīng)納稅額計算方式就用59號文的規(guī)定，即 非股權(quán)支付對應(yīng)的資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或損失＝（被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的公允價值－被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的計稅基礎(chǔ)）×（非股權(quán)支付金額÷被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的公允價值）。即，此時B企業(yè)對于50萬的現(xiàn)金部分，應(yīng)確認(rèn)25萬所得，當(dāng)期一次性納稅。剩余的75萬所得遞延5年納稅。同時，B企業(yè)取得A企業(yè)股權(quán)的計稅基礎(chǔ)為75萬（100-50+25）。但是，A企業(yè)取得B企業(yè)非貨幣資產(chǎn)的計稅基礎(chǔ)，按照116號文的規(guī)定，應(yīng)按公允價值200萬確認(rèn)。
第三，企業(yè)發(fā)生的資產(chǎn)收購或股權(quán)收購行為，如果同時符合59號文的特殊性稅務(wù)處理和116號文的特殊性稅務(wù)處理，應(yīng)該如何進行選擇，這也是一個非常重要的問題。我們以一個資產(chǎn)收購的案例來看一下，假設(shè)A企業(yè)用其100%的實質(zhì)性經(jīng)營資產(chǎn)（計稅基礎(chǔ)100萬，公允價值200萬），投資到企業(yè)B，取得的對價100%為B企業(yè)的股權(quán)。不考慮其他情況，這是一個既符合59號文特殊性稅務(wù)處理的資產(chǎn)收購，也符合116號文特殊性稅務(wù)處理的非貨幣資產(chǎn)對外投資行為。如果適用59號文，A企業(yè)取得B企業(yè)股權(quán)的計稅基礎(chǔ)是100萬，C企業(yè)取得B企業(yè)資產(chǎn)的計稅基礎(chǔ)也是100萬。如果適用116號文的特殊性稅務(wù)處理，A企業(yè)可以將100萬的評估增值分5年遞延納稅，每年確認(rèn)20萬的所得。但是，B企業(yè)可以按公允價值200萬確認(rèn)取得資產(chǎn)的計稅基礎(chǔ)。這里有個關(guān)鍵的差異需要大家關(guān)注。按照116號文，只要A企業(yè)對評估增值部分5年確認(rèn)納稅了，B企業(yè)就可以按公允價值確認(rèn)資產(chǎn)的計稅基礎(chǔ)。但是，在59號文的特殊性稅務(wù)處理下，即使A企業(yè)在取得B企業(yè)股權(quán)12個月后，將股權(quán)按公允價值出售，已經(jīng)將對外投資環(huán)節(jié)的評估增值在股權(quán)轉(zhuǎn)讓環(huán)節(jié)確認(rèn)納稅了，但是，B企業(yè)取得A企業(yè)資產(chǎn)的計稅基礎(chǔ)仍然只能按原有計稅基礎(chǔ)確認(rèn)，而不能調(diào)整為公允價值。對比59號文和116號文的特殊性稅務(wù)處理，這里就展出了大家廣為質(zhì)疑的59號文針對資產(chǎn)收購（股權(quán)收購）特殊性稅務(wù)處理中可能存在的重復(fù)征稅的問題。但是，59號文的規(guī)則本身并不錯，因為這是由于我國企業(yè)所得稅制度的特點決定的。因為我國企業(yè)所得稅中對于清算環(huán)節(jié)企業(yè)股東取得的相當(dāng)于被投資企業(yè)累計未分配利潤和累計盈余公積中按該股東所占股份比例計算的部分，會確認(rèn)為股息所得享受免稅待遇。因此，A企業(yè)股權(quán)轉(zhuǎn)讓環(huán)節(jié)就評估增值確認(rèn)的所得會在股權(quán)受讓方在B企業(yè)清算環(huán)節(jié)確認(rèn)損失。因此，整體來看，國家并沒有重復(fù)征稅。明白了這個重要的差異，企業(yè)在選擇適用59號文和116號文時，就應(yīng)該根據(jù)投資和被投資企業(yè)的實際情況，做到心中有數(shù)了。
第四、關(guān)注非貨幣資產(chǎn)評估價值和雙方認(rèn)可價值不一致產(chǎn)生的稅收風(fēng)險問題。116號文規(guī)定，投資企業(yè)和被投資企業(yè)都是以被投資資產(chǎn)并按評估后的公允價值作為稅務(wù)處理的依據(jù)。但是，在實踐中，企業(yè)用非貨幣資產(chǎn)對外投時，非貨幣資產(chǎn)的評估價格和雙方確認(rèn)的作價投資金額之間不一致的情況。比如，A企業(yè)用其持有的C企業(yè)股權(quán)對B企業(yè)投資，C企業(yè)股權(quán)按照評估報告確認(rèn)的價值是1000萬，但是A和B在參考評估報告后，綜合各方面因素，雙方協(xié)商后達(dá)成一致意見，A企業(yè)只能以該股權(quán)作價600萬作為出資額對B企業(yè)投資（假設(shè)交易真實，不存在虛假交易或其他關(guān)聯(lián)交易情況）。此時，究竟雙方是按1000萬還是600萬進行稅務(wù)處理呢？從116號為規(guī)定來看，毫無疑問應(yīng)該是按1000萬進行稅務(wù)處理。但是，雙方在會計上都是按600萬進行會計核算并辦理增資手續(xù)的。由于稅法和工商實際增資行為以及會計處理都存在差異，雙方會存在一定的稅收風(fēng)險。在實務(wù)中，企業(yè)如果要適用116號文的規(guī)定，還是盡量避免這種問題的出現(xiàn)。
