不少房地產(chǎn)企業(yè)遇到這樣的問題，開發(fā)項目清算后剩余的房產(chǎn)再轉(zhuǎn)讓是單獨計算土地增值稅，還是與以前清算的收入合并重新計算。例如，原清算項目增值率20%，未全部出售，2010年出售剩余兩套住房，收入200萬元，對應成本50萬元，企業(yè)是僅計算這兩套住宅的增值率（約300%），還是并入原清算數(shù)據(jù)進行二次清算？

根據(jù)國家稅務總局《關于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）的規(guī)定，并非項目銷售完畢才開始清算。符合下列情形的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算：1.已竣工驗收的房地產(chǎn)開發(fā)項目，已轉(zhuǎn)讓的房地產(chǎn)建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經(jīng)出租或自用的；2.取得銷售（預售）許可證滿3年仍未銷售完畢的。

已竣工驗收的房地產(chǎn)開發(fā)項目，已銷開發(fā)產(chǎn)品收入由“預收賬款”結(jié)轉(zhuǎn)至“營業(yè)收入”，未銷開發(fā)產(chǎn)品銷售之前按照存貨處理。若房地產(chǎn)企業(yè)捂盤或內(nèi)部保留部分房源，均可能導致開發(fā)項目長期不能清盤。企業(yè)不主動清算，主管稅務機關會要求其被動清算。但此時房產(chǎn)尚未銷售完畢，由于房價的不確定性，未售房產(chǎn)難以按估計售價確定，無法準確確定增值額，所以土地增值稅清算仍限于已售部分。

此外，土地增值稅扣除項目的確定取決于開發(fā)產(chǎn)品單位建筑面積成本。在會計處理上，開發(fā)項目所發(fā)生的成本費用通過“開發(fā)成本”科目進行歸集，開發(fā)項目完工后，“開發(fā)成本”科目歸集的累計發(fā)生額即為項目發(fā)生的總成本并結(jié)轉(zhuǎn)至“開發(fā)產(chǎn)品”科目，“開發(fā)產(chǎn)品”科目借方累計發(fā)生額即為完工項目總成本，其中既包含已售房產(chǎn)對應成本，又包含未售房產(chǎn)對應成本。國家稅務總局《關于印發(fā)〈房地產(chǎn)開發(fā)經(jīng)營業(yè)務企業(yè)所得稅處理辦法〉的通知》（國稅發(fā)〔2009〕31號）第十四條規(guī)定，已銷開發(fā)產(chǎn)品的計稅成本，按當期已實現(xiàn)銷售的可售面積和可售面積單位工程成本確認�？墒勖娣e單位工程成本和已銷開發(fā)產(chǎn)品的計稅成本按下列公式計算確定：可售面積單位工程成本＝成本對象總成本÷成本對象總可售面積；已銷開發(fā)產(chǎn)品的計稅成本＝已實現(xiàn)銷售的可售面積×可售面積單位工程成本。

已銷開發(fā)產(chǎn)品成本的會計處理為：借記“營業(yè)成本”，貸記“開發(fā)產(chǎn)品”。未銷開發(fā)產(chǎn)品成本即為“開發(fā)產(chǎn)品”科目已銷成本結(jié)轉(zhuǎn)后的余額。之后若再次銷售，仍然按照銷售面積×可售面積單位工程成本計算，由“開發(fā)產(chǎn)品”科目結(jié)轉(zhuǎn)至“營業(yè)成本”。

國稅發(fā)〔2006〕187號文件規(guī)定，單位建筑面積成本費用＝清算時的扣除項目總金額÷清算的總建筑面積。這里的扣除項目總金額既包括已售建筑面積，又包含未售建筑面積對應成本。這說明土地增值稅清算的會計處理和企業(yè)所得稅處理原則基本一致，均按照項目整體計算扣除項目總金額。扣除項目總金額也需要在已售建筑面積與未售建筑面積之間進行分攤。已售建筑面積與單位建筑面積成本費用乘積就是已售房產(chǎn)可扣除項目金額，未售建筑面積與單位建筑面積成本費用乘積就是未售房產(chǎn)可扣除項目金額。對于清算后再轉(zhuǎn)讓房產(chǎn)，國稅發(fā)〔2006〕187號文件規(guī)定，在土地增值稅清算時未轉(zhuǎn)讓的房地產(chǎn)，清算后銷售或有償轉(zhuǎn)讓的，扣除項目金額按清算時的單位建筑面積成本費用乘以銷售或轉(zhuǎn)讓面積計算。

這里需要明確以下三方面問題：

1.清算前期已售部分與清算后期銷售部分，盡管單位建筑面積成本是相同的，但增值率未必一樣。例如，清算時住宅售價3000元/平方米，后期實際銷售價5000元/平方米，假如之前可以享受普通住宅優(yōu)惠，后期銷售就不一定了，直接影響到稅率的選擇。

2.土地增值稅清算后收取的清算時已售房產(chǎn)面積補差款，不同于清算時未售房產(chǎn)，盡管此部分收入可能增加已售部分增值額和提高增值率，但由于金額相對較小，簡化處理為宜。福建省廈門市地稅局《關于印發(fā)〈廈門市房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理辦法〉的通知》（廈地稅發(fā)〔2010〕16號）規(guī)定，土地增值稅清算后收取的清算時已轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)的補面積差款項直接作為增值額，按清算時確定的適用稅率計算繳納土地增值稅。會計處理上，面積補差款計入當期營業(yè)收入，補繳土地增值稅計入營業(yè)稅金及附加處理。

3.清算后再轉(zhuǎn)讓房產(chǎn)納稅義務發(fā)生時間的確定。借鑒廈地稅發(fā)〔2010〕16號文件的規(guī)定，納稅人清算后再轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)應按月區(qū)分普通住宅和非普通住宅，分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅。納稅人清算后再轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)的，對于買賣雙方簽訂的房地產(chǎn)銷售合同有約定付款日期的，納稅義務發(fā)生時間為合同簽訂的付款日期的當天；對于對采取預收款方式的，納稅義務發(fā)生時間為收到預收款的當天。在簽訂合同時，可按合同約定的銷售額計算增值額、增值率和應納土地增值稅，再根據(jù)各期收入占銷售額的比重分期申報繳納土地增值稅。會計處理上，雖然屬于完工產(chǎn)品，但由于預收款不符合會計準則收入確認條件，按上述規(guī)定分期申報繳納的土地增值稅不作損益結(jié)轉(zhuǎn)，待房產(chǎn)交付完畢符合收入確認條件時，再計入營業(yè)稅金及附加處理。