針對(duì)我國目前運(yùn)輸企業(yè)和個(gè)人的實(shí)際情況，國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《國家稅務(wù)總局關(guān)于加強(qiáng)貨物運(yùn)輸業(yè)稅收管理及運(yùn)輸發(fā)票增值稅抵扣管理的公告》的通知（國稅發(fā)[2003]120號(hào)）對(duì)運(yùn)輸業(yè)務(wù)的具體管理提出了切實(shí)可行的具體要求。其中，對(duì)運(yùn)輸發(fā)票抵扣增值稅的問題，《運(yùn)輸發(fā)票增值稅抵扣管理試行辦法》則規(guī)定：從2003年11月1日起，納稅人外購貨物（固定資產(chǎn)除外）或者銷售應(yīng)稅貨物而支付運(yùn)輸費(fèi)用所取得的運(yùn)費(fèi)結(jié)算單據(jù)（《增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》第十二條所規(guī)定的不并入銷售額的代墊運(yùn)費(fèi)除外），無論是運(yùn)輸單位提供運(yùn)輸勞務(wù)自行開具的運(yùn)輸發(fā)票，還是運(yùn)輸單位主管地稅局及省級(jí)地稅局委托的代開發(fā)票中介機(jī)構(gòu)為運(yùn)輸單位和個(gè)人代開的運(yùn)輸發(fā)票，都準(zhǔn)予抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額，從而進(jìn)一步擴(kuò)大增值稅的抵扣范圍，這對(duì)接受運(yùn)輸服務(wù)的企業(yè)而言，其好處是不言而喻的。
但是，在稅務(wù)稽查實(shí)踐中，我們卻發(fā)現(xiàn)有些企業(yè)在利用運(yùn)輸發(fā)票抵扣增值稅方面存在許多問題，從稅務(wù)稽查的角度來看，我們認(rèn)為作為接受運(yùn)輸服務(wù)的企業(yè)，在接受運(yùn)輸服務(wù)取得運(yùn)輸隊(duì)發(fā)票進(jìn)行抵扣增值稅時(shí)，還應(yīng)該重點(diǎn)注意以下六個(gè)方面：
其一，注意發(fā)票開票單位是否合法。稅法明確規(guī)定，開票單位必須是經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)批準(zhǔn)，有自行開具運(yùn)輸發(fā)票資格的企業(yè)，或者是主管地稅局以及經(jīng)省級(jí)地稅局批準(zhǔn)委托中介機(jī)構(gòu)代開票單位代開的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票。凡未經(jīng)地稅局認(rèn)定的納稅人開具的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票一律不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。所以，作為一般納稅人企業(yè)，在接受運(yùn)輸服務(wù)時(shí)，應(yīng)當(dāng)注意提供服務(wù)的當(dāng)事人的合法身份，驗(yàn)明所接受的運(yùn)輸票據(jù)是否符合抵扣增值稅的規(guī)定，以防人為地增加經(jīng)營成本。
其二，注意驗(yàn)明具有合法身份的單位和個(gè)人所提供的運(yùn)輸票據(jù)是否在法定的期限內(nèi)。在稽查過程中我們經(jīng)常發(fā)現(xiàn)原來的舊運(yùn)輸發(fā)票，國稅發(fā)[2003]120號(hào)文件規(guī)定，納稅人必須于2003年10月31日前向主管地稅局繳回已經(jīng)領(lǐng)購的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票，經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)審核界定為自開票納稅人的再返還其繼續(xù)使用；未繳回的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票不得開具和使用，也不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證�！蛾P(guān)于使用公路、內(nèi)河貨物運(yùn)輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票有關(guān)問題的通知》（國稅函[2004] 557號(hào)）規(guī)定，《貨運(yùn)發(fā)票》必須采用稅控收款機(jī)系列產(chǎn)品開具，手寫無效。《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)新版〈全國聯(lián)運(yùn)行業(yè)貨運(yùn)統(tǒng)一發(fā)票〉式樣的通知》（國稅函 [2004]1033號(hào)）規(guī)定，《全國聯(lián)運(yùn)行業(yè)貨運(yùn)統(tǒng)一發(fā)票》使用新版本。因此，納稅人應(yīng)當(dāng)注意檢查其時(shí)效性。
其三，自開票納稅人和代開票單位必須按照規(guī)定逐欄、如實(shí)填開貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票。凡開具給增值稅一般納稅人的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票，必須填寫該增值稅一般納稅人的名稱和納稅人識(shí)別號(hào)。自開發(fā)票的，應(yīng)在運(yùn)費(fèi)發(fā)票下方正中央加蓋有開票人識(shí)別號(hào)、主管地稅局名稱和代碼等內(nèi)容的“開票人專用章”和財(cái)務(wù)專用章。此外，《國家稅務(wù)總局關(guān)于加強(qiáng)貨物運(yùn)輸業(yè)稅收征收管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)明電[2003]第055號(hào)）規(guī)定，如果地稅局代開貨運(yùn)發(fā)票時(shí)，應(yīng)加蓋代開票地稅局發(fā)票專用章，專用章要有代開票地稅局名稱和地稅局代碼。否則不予抵扣增值稅。
其四，申報(bào)抵扣增值稅時(shí)的手續(xù)是否符合規(guī)定。取得的所有需計(jì)算抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的運(yùn)輸發(fā)票，應(yīng)根據(jù)相關(guān)運(yùn)輸發(fā)票逐票填寫《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》，增值稅一般納稅人必須填寫其中的“取得運(yùn)輸發(fā)票單位名稱及識(shí)別號(hào)”
欄，否則，所取得的運(yùn)費(fèi)發(fā)票不能作為增值稅進(jìn)項(xiàng)抵扣憑證。在進(jìn)行增值稅納稅申報(bào)時(shí)，除按現(xiàn)行規(guī)定申報(bào)報(bào)表資料外，還必須報(bào)送《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》。納稅人除報(bào)送清單紙質(zhì)資料外，還需同時(shí)報(bào)送《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》的電子信息。未單獨(dú)報(bào)送《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》紙質(zhì)資料及電子信息的，其運(yùn)輸發(fā)票進(jìn)項(xiàng)稅額不得抵扣。同時(shí)規(guī)定，如果納稅人未按規(guī)定要求填寫《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》或者填寫內(nèi)容不全的，該張運(yùn)輸發(fā)票不得計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。因此，納稅人必須特別注意，在錄入《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》信息采集軟件時(shí)應(yīng)細(xì)心，如果某些地方輸入錯(cuò)誤，經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)與開具的電子信息比對(duì)不符，那么該筆運(yùn)輸發(fā)票的進(jìn)項(xiàng)稅額不得抵扣。增值稅一般納稅人取得的聯(lián)運(yùn)發(fā)票應(yīng)當(dāng)逐票填寫在《增值稅運(yùn)費(fèi)發(fā)票抵扣清單》的“聯(lián)運(yùn)”欄次內(nèi)。增值稅一般納稅人取得的內(nèi)海及近海貨物運(yùn)輸發(fā)票，可暫填寫在《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》內(nèi)河運(yùn)輸欄內(nèi)。
其五，根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于貨物運(yùn)輸業(yè)若干稅收問題的通知》（國稅發(fā)[2004]88號(hào)）規(guī)定，增值稅一般納稅人取得稅務(wù)機(jī)關(guān)認(rèn)定為自開票納稅人的聯(lián)運(yùn)單位和物流單位開具的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票準(zhǔn)予計(jì)算抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。準(zhǔn)予抵扣的貨物運(yùn)費(fèi)金額是指自開票納稅人和代開票單位為代開票納稅人開具的貨運(yùn)發(fā)票上注明的運(yùn)費(fèi)、建設(shè)基金和現(xiàn)行規(guī)定允許抵扣的其他貨物運(yùn)輸費(fèi)用；裝卸費(fèi)、保險(xiǎn)費(fèi)和其他雜費(fèi)不予抵扣。貨運(yùn)發(fā)票應(yīng)當(dāng)分別注明運(yùn)費(fèi)和雜費(fèi)，對(duì)未分別注明，而合并注明為運(yùn)雜費(fèi)的不予抵扣。
其六，申報(bào)抵扣增值稅的時(shí)間是否符合規(guī)定。納稅人取得的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票，可以在自發(fā)票開具日90天后的第一個(gè)納稅申報(bào)期結(jié)束以前申報(bào)抵扣，超過90天的不得予以抵扣。另外必須按照《增值稅運(yùn)費(fèi)發(fā)票抵扣清單》的要求填寫全部內(nèi)容，對(duì)填寫內(nèi)容不全的不得予以抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。
