鑒于跨地區(qū)（省、自治區(qū)、直轄市和計(jì)劃單列市）經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)（以下簡(jiǎn)稱匯總納稅企業(yè)）分布地域廣，總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)稅務(wù)機(jī)關(guān)不在同一省市，為便于企業(yè)履行備案手續(xù)，避免出現(xiàn)“看的見(jiàn)的管不了，管得了的看不見(jiàn)”等問(wèn)題，《企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策事項(xiàng)辦理辦法》對(duì)匯總納稅企業(yè)享受優(yōu)惠政策備案問(wèn)題作了如下規(guī)定：

一是分支機(jī)構(gòu)享受所得減免、研發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除、安置殘疾人員、促進(jìn)就業(yè)、部分區(qū)域性稅收優(yōu)惠（西部大開(kāi)發(fā)、經(jīng)濟(jì)特區(qū)、上海浦東新區(qū)、深圳前海、廣東橫琴、福建平潭），以及購(gòu)置環(huán)境保護(hù)、節(jié)能節(jié)水、安全生產(chǎn)等專用設(shè)備投資抵免稅額優(yōu)惠，由二級(jí)分支機(jī)構(gòu)向其主管稅務(wù)機(jī)關(guān)備案。其他優(yōu)惠事項(xiàng)由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一備案。

二是總機(jī)構(gòu)應(yīng)當(dāng)匯總所屬二級(jí)分支機(jī)構(gòu)已備案優(yōu)惠事項(xiàng)，填寫《匯總納稅企業(yè)分支機(jī)構(gòu)已備案優(yōu)惠事項(xiàng)清單》，隨同企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表一并報(bào)送其主管稅務(wù)機(jī)關(guān)。

三是同一省、自治區(qū)、直轄市和計(jì)劃單列市內(nèi)跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)的匯總納稅企業(yè)優(yōu)惠事項(xiàng)的備案管理，由省稅務(wù)機(jī)關(guān)確定。