根據《國家稅務總局關于營改增后土地增值稅若干征管規(guī)定的公告》（國家稅務總局公告2016年第70號）第三條的規(guī)定，（一）營改增后，計算土地增值稅增值額的扣除項目中“與轉讓房地產有關的稅金”不包括增值稅。因此，營改增后房地產企業(yè)進行土地增值稅清算時，扣除項目中“與轉讓房地產有關的稅金”不包括增值稅。