電子商務(wù)的迅猛發(fā)展為國際稅收提出了新課題，一方面，由于電子商務(wù)代替?zhèn)鹘y(tǒng)的貿(mào)易方式，納稅環(huán)節(jié)、納稅地點、國際稅收管轄權(quán)等遇到了新情況；另一方面，傳統(tǒng)的稅收理論、稅收原則也受到了不同程度的沖擊。

　　1.導致國際稅收管轄權(quán)產(chǎn)生沖突。來源地稅收管轄權(quán)和居民（公民）稅收管轄權(quán)的沖突是電子商務(wù)課稅的核心問題。我們知道，大多數(shù)國家都并行來源地稅收管轄權(quán)和居民（公民）稅收管轄權(quán)，就本國居民的全球所得以及本國非居民來源于本國的所得課稅。由此引起的國際重復征稅通常以雙邊稅收協(xié)定的方式來免除，也就是說，通過簽訂雙邊稅收協(xié)定，規(guī)定居住國有責任對于國外的、已被來源國課稅的所得給予抵免或免稅待遇，從而減輕或減除國際重復課稅。但是，電子商務(wù)的發(fā)展必將弱化來源地稅收管轄權(quán)，這方面的例子很多，比如，通過互相合作的網(wǎng)址來提供修理或維修服務(wù)；甚至醫(yī)療診斷服務(wù)也可能通過因特網(wǎng)由千里以外的醫(yī)生來提供。國際電子商務(wù)使得各國對所得來源地的判定發(fā)生了爭議。這促使美國財政部在報告中認為居住地稅收管轄權(quán)較來源地稅收管轄權(quán)為優(yōu)，傾向于加強居民（公民）稅收管轄權(quán)而不是來源地稅收管轄權(quán)。

　　但是，居民（公民）稅收管轄權(quán)也面臨自身獨特的挑戰(zhàn)。雖然居民身份通常以公司的注冊地標準判定，但是許多國家還堅持以管理和控制地標準來判定居民身份。大多國家的公司稅法都已允許外國公民擔任本國公司的董事，還允許董事會在居住國以外的國家召開。諸如電視會議等技術(shù)的廣泛使用，使得以下情況成為可能：管理和控制中心可能存在于多個國家，也可能不存在于任何國家，這使得居民（公民）稅收管轄權(quán)也形同虛設(shè)。隨著電子商務(wù)的發(fā)展，公司更容易憑需要選擇交易的發(fā)生地。這將造成交易活動普遍轉(zhuǎn)移到稅收管轄權(quán)較弱的地區(qū)進行。實際上，一系列國家避稅地已采取措施促使自身成為建立網(wǎng)絡(luò)服務(wù)的理想基地，甚至還開展了推銷自身電子商務(wù)硬件設(shè)施的宣傳活動。

　　2.混淆所得的性質(zhì)。世界上大多數(shù)國家的稅法對有形商品的銷售、勞務(wù)的提供和無形財產(chǎn)的使用，都作了區(qū)分，并且制定了不同的課稅規(guī)定。例如，對銷售商品的課稅可能取決于商品所有權(quán)在何地轉(zhuǎn)移或銷售合同在何地商議并簽訂；對勞務(wù)的課稅取決于勞務(wù)的實際提供地。但是，電子商務(wù)將原先以有形形式提供的商品轉(zhuǎn)變?yōu)橐詳?shù)字形式提供。原來需要通過購買書籍、報紙等載體才能獲得的信息現(xiàn)在可以通過電子商務(wù)直接取得。政府對這種以數(shù)字形式提供的數(shù)據(jù)和信息應視為提供服務(wù)所得，還是銷售商品所得就很難判定，必然引起稅收上的一系列爭議。

　　比如，原先通過購買國外報紙而獲得信息的顧客可以通過上網(wǎng)服務(wù)獲得相同的信息。稅收中性原則在這里又應如何體現(xiàn)呢？傳統(tǒng)銷售渠道下，信息來源國政府能從報紙的銷售中取得稅收收入，但現(xiàn)在信息來源國政府卻不能對網(wǎng)上銷售征稅取得稅收收入。如果仍將網(wǎng)上銷售視同銷售產(chǎn)品，那么這種銷售是在未使用來源國任何公共設(shè)施的情況下取得收入的，此時能說外國商人逃避了稅收嗎？也許將網(wǎng)上銷售視為提供勞務(wù)更能體現(xiàn)稅收中性，但是，又該如何判斷勞務(wù)的提供地呢？電子商務(wù)打破了勞務(wù)的提供地與消費地間的傳統(tǒng)聯(lián)系，雖然勞務(wù)的消費地在本國，但勞務(wù)的提供地并不在本國，這同樣也限制了將網(wǎng)上銷售視為勞務(wù)征稅。

　　3.難以確定常設(shè)機構(gòu)?！俺ＴO(shè)機構(gòu)”是一個企業(yè)進行全部或部分經(jīng)營活動的固定營業(yè)場所。按傳統(tǒng)觀念，常設(shè)機構(gòu)的設(shè)立通常涉及人和物兩方面的存在。但是，電子商務(wù)使得非居民能夠通過設(shè)在來源國服務(wù)器上的網(wǎng)址來進行銷售活動，此時該非居民擁有常設(shè)機構(gòu)嗎？如果該網(wǎng)址不用來推銷、宣傳產(chǎn)品和勞務(wù)，它是否就能被認定為非常設(shè)機構(gòu)而得到免稅待遇呢？

　　即使上述問題都解決了，常設(shè)機構(gòu)概念似乎也不能為來源國稅收管轄權(quán)提供足夠的保證。因為，一旦由于某設(shè)備的存在而被認定為常設(shè)機構(gòu)從而需納稅，那么該設(shè)備馬上就會搬遷到境外。另外，如果顧客從銷售商的網(wǎng)址中輸錄數(shù)據(jù)和信息，這會引起常設(shè)機構(gòu)的認定嗎？按照現(xiàn)行國際稅收協(xié)定的解釋，這似乎應該被認定為常設(shè)機構(gòu)，但是，如果通過設(shè)立銷售機構(gòu)來銷售與通過網(wǎng)址銷售，從稅收角度看，其效果是一樣的，那么稅收中性原則又該如何體現(xiàn)呢？因為稅收中性要求不同銷售方式引起的稅收結(jié)果是不一致的，這才不會扭曲各種銷售方式間的關(guān)系。電子商務(wù)引起的關(guān)于常設(shè)機構(gòu)的爭論，除上述問題外，還涉及有關(guān)代理商的特殊爭議。