按照《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈增值稅日常稽查辦法〉的通知》（國稅發(fā)[1998]44號）規(guī)定，增值稅檢查調(diào)賬方法如下：
增值稅檢查后的賬務(wù)調(diào)整，應(yīng)設(shè)立“應(yīng)交稅金——增值稅檢查調(diào)整”專門賬戶。凡檢查后應(yīng)調(diào)減賬面進(jìn)項稅額或調(diào)增銷項稅額和進(jìn)項稅額轉(zhuǎn)出的數(shù)額，借記有關(guān)科目，貸記本科目；凡檢查后應(yīng)調(diào)增賬面進(jìn)項稅額或調(diào)減銷項稅額和進(jìn)項稅額轉(zhuǎn)出的數(shù)額，借記本科目，貸記有關(guān)科目；全部調(diào)賬事項入賬后，應(yīng)結(jié)出本賬戶的余額，并對該余額進(jìn)行處理：
若余額在借方，全部視同留抵進(jìn)項稅額，按借方余額數(shù)，借記“應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅（進(jìn)項稅額）”科目，貸記本科目。
若余額在貸方，且“應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅”賬戶無余額，按貸方余額數(shù)，借記本科目，貸記“應(yīng)交稅金——未交增值稅”科目。
若本賬戶余額在貸方，“應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅”賬戶有借方余額且等于或大于這個貸方余額，按貸方余額數(shù)，借記本科目，貸記“應(yīng)交稅金-——應(yīng)交增值稅”科目。
若本賬戶余額在貸方，“應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅”賬戶有借方余額但小于這個貸方余額，應(yīng)將這兩個賬戶的余額沖出，其差額貸記“應(yīng)交稅金——未交增值稅”科目。