根據(jù)企業(yè)所得稅法及其實施條例和《企業(yè)研究開發(fā)費(fèi)用稅前扣除管理辦法》的有關(guān)規(guī)定，企業(yè)對實際發(fā)生的、符合條件的研發(fā)費(fèi)用，應(yīng)當(dāng)根據(jù)財務(wù)會計核算和研發(fā)項目的實際情況進(jìn)行收益化或資本化處理，研發(fā)費(fèi)用計入當(dāng)期損益未形成無形資產(chǎn)的，在按照規(guī)定據(jù)實扣除的基礎(chǔ)上，允許再按其當(dāng)年研發(fā)費(fèi)用實際發(fā)生額的50%，直接抵扣當(dāng)年的應(yīng)納稅所得額；研發(fā)費(fèi)用形成無形資產(chǎn)的，按照該無形資產(chǎn)成本的150%在稅前攤銷。

國家此項稅收優(yōu)惠政策旨在鼓勵企業(yè)進(jìn)行新技術(shù)、新產(chǎn)品、新工藝的研究開發(fā)，這對企業(yè)的發(fā)展是非常有利的。但是在實際執(zhí)行中，一些不符合規(guī)定對象的企業(yè)也在盲目的申報加計扣除研發(fā)費(fèi)用，這必然會給企業(yè)帶來涉稅的風(fēng)險。

其實，研發(fā)費(fèi)加計扣除的優(yōu)惠政策，并不是適用于所有企業(yè)，根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈企業(yè)研究開發(fā)費(fèi)用稅前扣除管理辦法（試行）〉的通知》（國稅發(fā)〔2008〕116號 ）第二條 “本辦法適用于財務(wù)核算健全并能準(zhǔn)確歸集研究開發(fā)費(fèi)用的居民企業(yè)。”的規(guī)定，也就是說，研發(fā)費(fèi)加計扣除的優(yōu)惠政策只適用于財務(wù)核算健全并能準(zhǔn)確歸集研發(fā)費(fèi)用的居民企業(yè)，因此有3類企業(yè)不能享受加計扣除研發(fā)費(fèi)的優(yōu)惠：1.非居民企業(yè)；2.核定征收企業(yè)；3.財務(wù)核算不健全、不能準(zhǔn)確歸集研究開發(fā)費(fèi)用的企業(yè)。那么這三類企業(yè)在所得稅匯算清繳的時候就不能申報加計扣除研發(fā)費(fèi)用。

根據(jù)該扣除管理辦法的規(guī)定，申請加計扣除不需要事前在稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理行政許可、備案、審批等手續(xù)，僅需要在年度終了進(jìn)行所得稅年度申報和匯算清繳時，按照規(guī)定報送有關(guān)資料，即可自行申報加計扣除研發(fā)費(fèi)用。由此可以看出，對研發(fā)費(fèi)用的加計扣除屬于一種自主申報式的扣除，但是，企業(yè)不能因此就隨意申報加計扣除，企業(yè)還應(yīng)當(dāng)對照加計扣除對象的適用范圍，對不屬于加計扣除對象范圍的企業(yè)，就不能盲目申報加計扣除研發(fā)費(fèi)用，以免給事后稅務(wù)檢查遺留下涉稅的風(fēng)險。