根據(jù)新制度經(jīng)濟(jì)學(xué)，任何一項制度的制定、實施及其效果，會受到相關(guān)制度的制約和影響。因此每一項制度的制定和實施，既要考慮該制度本身，還要考慮其他相關(guān)制度的安排（包括正式制度和非正式的制度）。同時為了確保制度的有效性，還必須有一套強(qiáng)有力的制度實施機(jī)制。內(nèi)部審計制度作為公司治理制度的組成部分，其作用的發(fā)揮和有效程度的大小除決定于該制度本身的完善程度外，還取決于與其相關(guān)的制度結(jié)構(gòu)，即其他的正式制度和非正式制度對內(nèi)部審計制度的制約和影響，以及該制度的實施機(jī)制。

　　風(fēng)險導(dǎo)向型內(nèi)部審計的基本目的是幫助組織完成其目標(biāo)，為此要披露相關(guān)的風(fēng)險，并提出相應(yīng)的改進(jìn)建議。為了達(dá)到這一制度的目標(biāo)，需要提供一定的條件，即內(nèi)部審計部門的獨立性和人員的客觀性，因此內(nèi)部審計章程必須獲得董事會的批準(zhǔn)，以確保內(nèi)部審計部門的地位和活動不受限制。在此基礎(chǔ)上，內(nèi)部審計組織結(jié)構(gòu)的設(shè)置也必須與其他制度安排相適應(yīng)。內(nèi)部審計在公司治理結(jié)構(gòu)中是不可或缺的部分，一個企業(yè)的內(nèi)部審計組織結(jié)構(gòu)的設(shè)置，關(guān)系到內(nèi)部審計功能的發(fā)揮。不同階段、不同企業(yè)對內(nèi)部審計功能的需求也不同，因此，根據(jù)企業(yè)規(guī)模、管理方式、企業(yè)目標(biāo)等實際情況，內(nèi)部審計組織結(jié)構(gòu)的設(shè)置也有不同。在公司治理框架內(nèi)，常見的內(nèi)部審計組織結(jié)構(gòu)有以下幾種：

　　（一）財務(wù)總監(jiān)領(lǐng)導(dǎo)的組織結(jié)構(gòu)這種結(jié)構(gòu)的內(nèi)部審計部門在公司治理框架內(nèi)層次較低，只能開展部分日常性的審計工作，不能直接為經(jīng)營決策者服務(wù)，更多地是履行檢查功能，并未涉及內(nèi)部審計的確認(rèn)與咨詢活動，獨立性較差。一般多見于企業(yè)規(guī)模較小、股權(quán)結(jié)構(gòu)簡單的企業(yè)。

　?。ǘ┛偨?jīng)理領(lǐng)導(dǎo)的組織結(jié)構(gòu)這種結(jié)構(gòu)的內(nèi)部審計部門地位比財務(wù)總監(jiān)領(lǐng)導(dǎo)的內(nèi)部審計部門來得更高，更接近于經(jīng)營管理層，能直接為日常經(jīng)營決策服務(wù)，審計的范圍主要是經(jīng)營審計和總經(jīng)理對董事會財務(wù)責(zé)任的審計。這種結(jié)構(gòu)有利于發(fā)揮內(nèi)部審計在提高經(jīng)營管理水平方面的作用，保持了審計的獨立性和較高的組織地位，但難以對總經(jīng)理的受托管理責(zé)任進(jìn)行獨立的監(jiān)督和評價。

　?。ㄈ┍O(jiān)事會領(lǐng)導(dǎo)的組織結(jié)構(gòu)在現(xiàn)代公司治理結(jié)構(gòu)中，股東大會及各利益相關(guān)方作為委托人，分別將各自的資源交董事會代理，并委托與董事會平行的監(jiān)事會對其進(jìn)行監(jiān)督。這一結(jié)構(gòu)的內(nèi)部審計部門地位較高，有利于履行內(nèi)部審計的檢查、評價、鑒證功能，監(jiān)事會也能夠更好地利用內(nèi)部審計工作履行其自身職能。但這種結(jié)構(gòu)下，由于監(jiān)事會屬于公司高層制衡機(jī)制組成部分，不參與公司的日常經(jīng)營管理，相應(yīng)地內(nèi)部審計部門不能直接服務(wù)于經(jīng)營決策，難以通過內(nèi)部審計改善經(jīng)營管理、提高經(jīng)濟(jì)效益的目的，從而難以實現(xiàn)其對企業(yè)的增值功能。

　　（四）董事會或董事會下設(shè)的審計委員會領(lǐng)導(dǎo)的組織結(jié)構(gòu)董事會是公司的經(jīng)營決策機(jī)構(gòu)，其職責(zé)是執(zhí)行股東大會的決議，決定企業(yè)的生產(chǎn)經(jīng)營策略等重大事項，在公司治理結(jié)構(gòu)中地位較高。審計委員會作為隸屬于董事會下的一個專業(yè)委員會，代表董事會對管理層進(jìn)行監(jiān)督，同時制衡董事會的內(nèi)部董事。董事會或董事會下設(shè)的審計委員會領(lǐng)導(dǎo)的內(nèi)部審計部門能夠保持較高的獨立性、權(quán)威性和組織地位，更強(qiáng)調(diào)完成董事會的責(zé)任，有利于內(nèi)部審計的檢查、評價、監(jiān)證和咨詢功能的發(fā)揮，如圖4所示。但這種組織結(jié)構(gòu)下無法監(jiān)督董事會的受托責(zé)任，在一定程度上限制了內(nèi)部審計的檢查、評價功能。

　　（五）雙重領(lǐng)導(dǎo)的組織結(jié)構(gòu)以上的幾種組織結(jié)構(gòu)都不能同時平衡內(nèi)部審計職能與獨立性之間的關(guān)系，因此產(chǎn)生了一種新的組織結(jié)構(gòu)——雙重領(lǐng)導(dǎo)的內(nèi)部審計組織結(jié)構(gòu)，即在業(yè)務(wù)上向?qū)徲嬑瘑T會報告業(yè)績，在職能上向總經(jīng)理負(fù)責(zé)并報告工作。這種雙向負(fù)責(zé)、雙軌報告、保持雙重關(guān)系的組織結(jié)構(gòu)，符合公司治理對其履行報告受托責(zé)任的要求，能夠最大限度地發(fā)揮內(nèi)部審計的檢查、評價、鑒證和咨詢的功能，而且保證了內(nèi)部審計的獨立性。